Durante los últimos años, la Comisión Estatal de Derechos Humanos de Jalisco (CEDHJ) ha sido objeto de diversas críticas por parte de las organizaciones de la sociedad civil y defensores de los derechos humanos en la entidad.

Su falta de acción proactiva y visión legalista de los derechos humanos hizo a la dependencia estatal una institución atada a los intereses de los partidos políticos y los grupos de poder en la entidad, convirtiendo su presidencia en una carta de cambio.