En las finanzas públicas del Gobierno de Jalisco se ha generado un enorme boquete superior a los mil 743 millones de pesos, a partir de decenas de préstamos que autorizó el Ejecutivo a sus organismos paraestatales, pero que nunca fueron pagados a la hacienda central. 

Los registros de la Secretaría de Planeación, Administración y Finanzas (Sepaf, antes Sefin), indican que entregó a estos organismos paraestatales mil 95 millones 126 mil 946 pesos en calidad de empréstitos entre los años de 1995 y 2014, a través de 65 operaciones. 

La Auditoría Superior de la Federación (ASF) detectó una serie de irregularidades en la contratación de proveedores para el programa estrella en materia de movilidad del Gobierno de Jalisco: Mi Bici. La inversión del programa ronda los 162 millones de pesos para ofrecer un servicio de préstamo de bicicletas públicas.